Genel Sekreterlik Ajansın icra organıdır. Genel Sekreterlik bünyesinde Yönetim Kurulu karşısında sorumlu olan Genel Sekreter, uzmanlar ve destek personeli barındırmaktadır. Genel Sekreterlik birimleri:

• Genel Sekreter
• Destek Hizmetleri Birimi
• Koordinasyon Birimi
• Yatırım Destek Ofisi
• Yatırım Destek ve Tanıtım Birimi
• Proje Hazırlama, İzleme ve Değerlendirme Birimi
• Strateji ve Planlama Birimi